主角Q是一個學業成績一般的國三生，但他一直有個志願：便是成為世界第一的名偵探。而當Q得知其居住的城市有一間專門培訓偵探的學校「DDS」後，他便前往「DDS」的入學考試會場。Q於進行「DDS」入學考試試驗途中結識了擁有「瞬間記憶能力」的女孩美南惠、擁有異於常人能力的鐵漢遠山金太郎和天才程序員的小學生鳴澤數馬，並一同四人進行入學考試試驗。然而當Q等人進行「DDS」最後試驗時，Q於進行試驗途中認識了天才美少年天草流。其後當Q等人經過「DDS」的校長團守彥的一連串試驗後，眾人卻被其安排入讀學園的特別班，展開一段全新的偵探學園生活。